Khi hoàn tất, cùng với các tàu khu trục chị em Uranami, Ayanami và Isonami, Shikinamiđược phân về Hải đội Khu trục 19 thuộc Hạm đội 2 Hải quân Đế quốc Nhật Bản. Trong cuộc Chiến tranh Trung-Nhật, từ năm 1937, Isonami hỗ trợ cho các cuộc đổ bộ lực lượng Nhật Bản lên Thượng Hải và Hàng Châu. Từ năm 1940, nó được phân công tuần tra dọc theo bờ biển và hỗ trợ cho việc đổ bộ lên miền Nam Trung Quốc.

Vào lúc xảy ra cuộc tấn công Trân Châu Cảng, Shikinami được phân về Hải đội Khu trục 19 thuộc Đội khu trục 3 của Hạm đội 1 Hải quân Đế quốc Nhật Bản, và được bố trí từ Quân khu Hải quân Kure đến cảng Samah trên đảo Hải Nam để hỗ trợ cho các chiến dịch đổ bộ lực lượng Nhật Bản lên Malaya. Trong tháng 1 và tháng 2 năm 1942, nó được phân công hộ tống chiếc tàu sân bay Ryūjō tiến hành các cuộc không kích trong biển Java.

Trong trận chiến eo biển Sunda vào ngày 1 tháng 3, mặc dù tham chiến trễ, Shikinami cũng đã góp phần khi bắn loạt ngư lôi sau cùng, đánh chìm tàu tuần dương hạng nặng Mỹ USS Houston.[6][7] Nó tham gia hộ tống các đoàn tàu vận tải chuyển binh lính từ Sài Gòn đến Rangoon cho đến hết tháng 3. Từ ngày 13 đến ngày 22 tháng 4, nó đi ngang qua Singapore và vịnh Cam Ranh quay trở về Xưởng hải quân Kure để bảo trì.[8]

Vào ngày 4-5 tháng 6, Shikinami tham gia trận Midway trong thành phần lực lượng chính của Đô đốc Yamamoto Isoroku. Đến tháng 7 năm 1942, Shikinami lên đường từ Amami-Oshima đến quân khu bảo vệ Mako, Singapore, Sabang và Mergui nhằm chuẩn bị cho một cuộc không kích Ấn Độ Dương thứ hai. Kế hoạch này bị hủy bỏ do việc lực lượng Đồng Minh đổ bộ lên Guadalcanal, và Shikinami được gửi đến Truk, và đến nơi vào cuối tháng 8. Trong trận chiến Đông Solomon vào ngày 24 tháng 8, Shikinami hộ tống cho nhóm tiếp tế hạm đội đi đến Guadalcanal, và sau đó nó được sử dụng cho nhiều nhiệm vụ "Tốc hành Tokyo", những chuyến đi vận chuyển tốc độ cao, đến nhiều địa điểm khác nhau trong khu vực quần đảo Solomon trong tháng 10 và tháng 11.[9] Trong trận Hải chiến Guadalcanal thứ hai vào các ngày 14-15 tháng 11 năm 1942,[10] Shikinami được phân về lực lượng tuần tiễu dưới quyền chỉ huy của Chuẩn Đô đốc Shintarō Hashimoto trên chiếc tàu tuần dương hạng nhẹ Sendai. Shikinami sống sót qua trận chiến này mà không bị hư hại, và quay trở về Kure vào cuối năm.

Vào tháng 1 năm 1943, Shikinami hộ tống một đoàn tàu vận tải chuyển binh lính từ Pusan đến Palau và đến Wewak. Cho đến hết tháng 2, nó tuần tra ngoài khơi khu vực Truk và Rabaul. Đến ngày 25 tháng 2, Shikinami được phân về Hạm đội 8 Hải quân Đế quốc Nhật Bản. Trong Trận chiến biển Bismarck vào các ngày 1-4 tháng 3, Shikinami hộ tống một đoàn tàu vận tải chuyển binh lính từ Rabaul đến Lae. Nó sống sót qua cuộc không kích của lực lượng Đồng Minh vào ngày 3 tháng 3, vốn đã đánh chìm tàu khu trục chị em Shirayuki, và đã vớt được Chuẩn Đô đốc Masatomi Kimura cùng những người sống sót khác.[11] Sau khi quay trở về Kure một thời gian ngắn trong tháng 3, Shikinami tiếp tục phục vụ trong vai trò hộ tống và vận chuyển tại khu vực quần đảo Solomon và New Guinea cho đến cuối tháng 10 năm 1943.

Vào cuối tháng 10 năm 1943, Shikinami được tái trang bị tại Singapore, rồi sau đó được phân công hộ tống các đoàn tàu vận tải đi lại giữa Singapore, Surabaya và Balikpapan cho đến hết năm. Vào cuối tháng 1 năm 1944, Shikinami hộ tống các tàu tuần dương Aoba, Ōi, Kinu và Kitakami trong một chuyến đi tiếp liệu đến quần đảo Andaman, và sau đó đã kéo chiếc Kitakami bị trúng ngư lôi quay trở về Singapore.

Trong một đợt tái trang bị kéo dài một tháng tại Singapore từ giữa tháng 3 đến giữa tháng 4, nó được bổ sung thêm vũ khí phòng không. Trong tháng 5 và tháng 6, Shikinami thực hiện nhiều nhiệm vụ hộ tống giữa Singapore, Philippine và Palau. Trong một chuyến đi vận chuyển binh lính đến Biak như là soái hạm của Đô đốc Naomasa Sakonju, Shikinami chịu đựng một cuộc không kích bắn phá, khiến các quả mìn sâu của nó bốc cháy, nhưng được thả bỏ kịp thời trước khi phát nổ, nhưng cũng khiến hai người thiệt mạng và bốn người khác bị thương. Shikinami tiếp tục hộ tống các tàu bè đi lại giữa Singapore, Brunei và Philippine từ tháng 6 đến tháng 8, và đã cứu vớt những người còn sống sót từ chiếc tàu tuần dương Ōi bị trúng ngư lôi vào ngày 19 tháng 7. Đến ngày 12 tháng 9, sau khi rời Singapore cùng một đoàn tàu vận tải hướng về Nhật Bản, Shikinami trúng phải ngư lôi phóng từ tàu ngầm Mỹ USS Growler khi còn cách 440 km (240 hải lý) về phía Nam Hong Kong, ở tọa độ 18°16′B 114°40′Đ / 18,267°B 114,667°Đ / 18.267; 114.667. Tám sĩ quan cùng 120 thủy thủ đã được tàu khu trục Mikura, nhưng vị chỉ huy của nó, Thiếu tá Hải quân Takahashi, tử trận cùng con tàu.

Vào ngày 10 tháng 10 năm 1944, Shikinami được rút khỏi danh sách Đăng bạ Hải quân.[5]